Seit 1948 befindet sich das Museum im architektonischen Komplex von San Domenico, dessen Bau mit der Gründung des Dominikanerordens im Jahr 1233 begann.
Ende des 16. Jahrhunderts wurde der große Kreuzgang fertiggestellt und der Säulengang hinzugefügt. Einige Jahre später wurde das Oratorium der Bruderschaft gebaut, ein großer gewölbter und reich mit Fresken bemalter Raum.
Während der napoleonischen Besetzung wurde das Kloster in eine Militärkaserne umgewandelt; Mit der Restauration wurde es den Brüdern zurückgegeben. Nach der Einigung Italiens übergab der Staatseigentümer des kirchlichen Eigentums den Komplex an die Militärbehörde, die ihn an seine eigenen Bedürfnisse anpasste, wodurch seine Nutzung unterbrochen wurde. Diese Nutzung wird fast ein Jahrhundert dauern. Im Jahr 1957 wurden die über verschiedene Standorte verstreuten Sammlungen der Stadtmuseen nach langer bürokratischer Tortur von Umberto Calzoni hier zusammengeführt und gingen in Staatseigentum über. Das Nationale Archäologische Museum Umbriens entsteht.